Компанийн эрх барих дээд байгууллага нь хувьцаа эзэмшигчдийн хурал, компанийн хувьцаа эзэмшигчдийн хурлын чөлөөт цагт компанийн эрх барих дээд байгууллага нь төлөөлөн удирдах зөвлөл байна.  “Хөвсгөл Алтандуулга” ХК нь  дараах бүтэц зохион байгуулалтын схемийн дагуу үйл ажиллагаагаа явуулж байна. Компанийн дүрмээр компанийн ТУЗ нь 9 гишүүнтэй, гишүүдийг 2 жилийн хугацаатайгаар сонгодог.